Pré-requisitos 📇
O curso não exige conhecimento prévio em programação, mas é recomendável que o aluno tenha familiaridade com o uso de computadores (ambiente Windows) e com a escrita de textos científicos. Nesse sentido, não é necessário ter conhecimento prévio sobre as ferramentas e plataformas que utilizaremos no curso: Zotero, OSF, Zenodo, Git, Github, RStudio, Quarto/RMarkdown, Docker, etc; mas desejável que o aluno já as tenha instalado e/ou cadastro nas plataformas.
Abaixo eu descrevo sucintamente o que é cada uma dessas ferramentas e plataformas, e como você pode se preparar para o curso. Também apresento um vídeo curto sobre a instalação e cadastro em cada uma delas. A ideia é que você já tenha todas as ferramentas e plataformas instaladas e/ou cadastro antes do início do curso, para que possamos focar no conteúdo e prática durante as aulas síncronas. Mas pode ficar tranquilo, pois na primeira aula do curso abordaremos essas tarefas, e caso ainda haja alguma dúvida na instalação e cadastro, dedicaremos algum tempo para saná-las.
Outras soluções que iremos discutir e testar durante o curso, como alguns pacotes do R, e aplicações de IA no último módulo, deixaremos para as aulas remotas. Essas soluções na sua maioria requerem cadastros rápidos, e podem ser feitos de forma instantânea via conta Google/Microsoft/Apple.
Os resumos das bibliografias que apresento nas seções seguintes foram elaborados com o auxílio do ChatGPT 4, seja pelo o webapp da OpenAI ou pelo Copilot (ou buscador Bing) da Microsoft.
Eu destaco (seleciono através de marca texto no Zotero, por exemplo) as passagens que considero importante do artigo científico, tendo em vista a minha perspectiva e fins no momento da leitura, e posteriormente copio e colo as notas de leitura com a seguinte prompt:
“Senteces in the text are reading notes, that is, what I found most important and interesting, from a scientific article on the topic open science. I would like you to summarize the notes in a descriptive text and concatenate the arguments highlighted in the notes. Give your answer in Portuguese”
Eu simplesmente copiei e colei os resultados do ChatGPT para compilar essas notas de leituras? Não. Após o resultado do ChatGPT eu reviso o sumário das notas de leituras e faço ajustes, que somente são possíveis porque li o artigo por completo. A despeito do ChatGPT fazer um bom serviço nesse sentido, ele ainda comete muitos deslizes. Deslizes esses que você não pode deixar passar num texto científico, e somente captaria a partir da leitura do artigo ou sendo conhecedor do assunto abordado.
A imagem cover desse curso foi gerada por uma IA, com posteriores ajustes (off course!). Existem diversos geradores de imagens que você pode testar gratuitamente, mas eu costumo utilizar o i) DALL-E, que é uma solução da OpenAI que também pode ser utilizada no Copilot da Microsoft; ii) o PlaygroundAI, e iii) o Gemini do Google.
Github
Primeiramente, se cadastre no Github: https://github.com/signup, pois com ele você poderá acessar o material do curso e interagir com os demais participantes. E com a conta do Github você também poderá se cadastrar em outras plataformas, como o Zenodo, OSF, etc. Algumas features que aprenderemos no curso exigem o vínculo entre as contas. Se for professor ou estudante, você pode solicitar o GitHub Education e ter acesso, por exemplo, ao Copilot, uma das ferramentas de IA que abordaremos no último módulo. Por isso, é importante que você se cadastre com um e-mail institucional. Use o mesmo e-mail para se cadastrar em todas plataformas.
Git
Github não é a mesma coisa que Git. O Github é uma plataforma, e o Git é uma ferramenta. Instale a versão mais recente do Git: https://git-scm.com/downloads. O Git é uma ferramenta de controle de versão, e o Github é uma plataforma que utiliza o Git. O Git é uma ferramenta essencial para a prática da ciência aberta, e é uma das ferramentas mais importantes para o pesquisador que deseja tornar sua pesquisa mais transparente e reprodutível.
Zotero
Baixe a versão mais recente do Zotero: https://www.zotero.org/download/ e cadastre uma conta: https://www.zotero.org/user/register/. Vamos discutir sobre o Zotero e diversos plugins que são úteis no dia-a-dia do pesquisador. Atualmente, o Zotero é a ferramenta mais completa para gerenciamento de referências e bibliotecas, e se integra nativamente com o RStudio.
OSF
Cadastre no Open Science Framework (OSF): https://osf.io/register/. Como veremos, essa plataforma é uma das mais importantes para a prática da ciência aberta. Ela está no começo (pré-registro) e no final (repositório de dados e pré-print) do ciclo de vida (workflow) de um projeto de pesquisa.
Zenodo
Apesar do Zenodo cumprir funções similares ao OSF e até mesmo ao Github, ele é mais voltado para a publicação de dados e publicações científicas. Cadastre no Zenodo: https://zenodo.org/login/ e víncule sua conta com o Github. Isso será útil, principalmente, para geração de DOI de repositórios do Github.
RStudio
Baixe a versão mais recente do RStudio: https://posit.co/download/rstudio-desktop/. O RStudio é uma Integrated Development Environment (IDE) para a linguagem R. O RStudio é uma ferramenta essencial para a prática da ciência aberta em R, pois integra as principais soluções que abordaremos no curso (Zotero, Quarto, Git/Github, etc.). A empresa RStudio recentemente mudou o nome para Posit, com o objetivo refletir melhor a expansão da empresa para além do desenvolvimento de ferramentas para R, incluindo Python e outras linguagens. Nesse mesmo link você pode baixar o R, que é a linguagem de programação que utilizaremos no curso.
Quarto
Baixe a versão mais recente do Quarto: https://www.quarto.org/. O Quarto é uma linguagem de marcação que permite a criação de documentos reprodutíveis e dinâmicos. Ele é uma evolução e tende a substituir o RMarkdown, que é a principal linguagem de marcação do R. O Quarto engloba e adiciona diversas outras vantagens ao RMarkdown, tal como a possibilidade de criar documentos reprodutíveis em Python, Julia, etc. Se você já tem algum conhecimento de RMarkdown, não se preocupe, pois o Quarto é uma extensão natural.
Docker
Baixe a versão mais recente do Docker: https://www.docker.com/products/docker-desktop. Nesse mesmo link você cria uma conta. O Docker é uma plataforma para desenvolvimento, envio e execução de aplicativos. O Docker é uma ferramenta essencial para a prática da ciência aberta, pois permite a criação de ambientes reprodutíveis.